L'ambito direzionale Operazioni gestisce le attività di controllo dell'UDSC. Con circa 3500 collaboratori, garantisce la sicurezza e la sorveglianza delle frontiere. La direzione strategica è centralizzata, mentre la direzione operativa è organizzata su sei livelli regionali, strutturati come segue:
- Dogana Nord: Basilea Città, Basilea Campagna, Argovia
- Dogana Nord-Est: Sciaffusa, Turgovia, Zurigo, Svitto, Lucerna, Obvaldo, Nidvaldo, Glarona
- Dogana Est: San Gallo, Appenzello Interno, Appenzello Esterno, Grigioni, Principato del Liechtenstein
- Dogana Sud: Uri, Ticino
- Dogana Ovest: Ginevra, Vaud, Vallese
- Dogana Centro: Giura, Neuchâtel, Berna, Friburgo, Soletta
