L’ambito direzionale Operazioni comprende la dogana e il Corpo delle guardie di confine (CGCF) rispettivamente i circondari doganali e le regioni guardie di confine. Questa fusione, e dunque il rafforzamento dell’attività operativa, è un pilastro dell’ulteriore sviluppo dell'AFD verso l’Ufficio federale della dogana e della sicurezza dei confini (UDSC). A ciò si aggiunge la creazione del nuovo profilo professionale di specialista dogana e sicurezza dei confini.
Struttura regionale con sei livelli regionali: l’ambito direzionale Operazioni è suddiviso nelle seguenti sei regioni (circondari doganali e regioni guardie di confine):
- Dogana Nord: Basilea Città, Basilea Campagna, Argovia
- Dogana Nord-Est: Sciaffusa, Turgovia, Zurigo, Svitto, Lucerna, Obvaldo, Nidvaldo, Glarona
- Dogana Est: San Gallo, Appenzello Interno, Appenzello Esterno, Grigioni, Principato del Liechtenstein
- Dogana Sud: Uri, Ticino
- Dogana Ovest: Ginevra, Vaud, Vallese
- Dogana Centro: Giura, Neuchâtel, Berna, Friburgo, Soletta