Les activités de contrôle de l'OFDF sont pilotées par le domaine de direction des opérations. Avec environ 3500 employés, il assure la sécurité et la surveillance des frontières. La direction stratégique est centralisée, la direction opérationnelle est organisée sur six niveaux régionaux, structurés comme suit :
- Douane Nord: Bâle-Ville, Bâle-Campagne, Argovie
- Douane Nord-est: Schaffhouse, Thurgovie, Zurich, Zoug, Schwyz, Lucerne, Obwald, Nidwald, Glaris
- Douane Est: Saint-Gall, Appenzell Rhodes-Intérieures, Appenzell Rhodes-Extérieures, Grisons, Principauté de Liechtenstein
- Douane Sud: Uri, Tessin
- Douane Ouest: Genève, Vaud, Valais
- Douane Centre: Jura, Neuchâtel, Berne, Fribourg, Soleure
