Im Direktionsbereich Operationen werden die Kontrollaktivitäten des BAZG geführt. Mit rund 3500 Mitarbeitern gewährleistet er die Sicherheits- und Grenzüberwachung. Die strategische Leitung erfolgt zentral, während die operative Führung über sechs Regionalebenen organisiert ist, die wie folgt strukturiert sind:
- Zoll Nord: Basel-Stadt, Basel-Landschaft, Aargau
- Zoll Nordost: Schaffhausen, Thurgau, Zürich, Zug, Schwyz, Luzern, Obwalden, Nidwalden, Glarus
- Zoll Ost: St. Gallen, Appenzell Innerrhoden, Appenzell Ausserrhoden, Graubünden, Fürstentum Liechtenstein
- Zoll Süd: Uri, Tessin
- Zoll West: Genf, Waadt, Wallis
- Zoll Mitte: Jura, Neuenburg, Bern, Freiburg, Solothurn
