Das Schweizer Zollmuseum arbeitet mit anderen nationalen und internationalen Organisationen zusammen.
Der Zoll vollzieht rund 150 Rechtserlasse, die nicht direkt mit dem Zoll zu tun haben. Das Schweizer Zollmuseum wirft ein Licht auf die Rolle des Zolls im Einsatz für Wirtschaft und Kultur sowie für die Sicherheit und Gesundheit der Schweizer Bürger und Bürgerinnen. Dies ist der Grund weshalb das Museum mit Partnerorganisationen wie dem Bundesamt für Kultur (BAK), dem Bundesamt für Lebensmittelsicherheit und Veterinärwesen (BLV), dem Staatssekretariat für Migration SEM , dem Schweizerischen Nationalmuseum (SNM) oder dem UNO-Flüchtlingshochkommissariat (UNHCR) zusammenarbeitet.