Die Strafverfolgung ist das Ermittlungsorgan des Zolls. Sie besteht aus rund 190 speziell ausgebildeten Mitarbeitenden mit gerichtspolizeilichen Kompetenzen und ist für die Bekämpfung von schwerem Schmuggel zuständig.
Neben Fällen von Abgabebetrug (Zölle, Einfuhrmehrwertsteuer, Abgaben auf Tabak, Alkohol, Mineralöl usw.) ist die Strafverfolgung in weiteren Bereichen wie Artenschutz (CITES-Abkommen), Bekämpfung von Tierseuchen, Medikamentenschmuggel oder Kabotage tätig.
Ihr Tätigkeitsbereich beschränkt sich nicht auf die Grenze, sondern umfasst auch das Landesinnere. Zur Optimierung ihrer Einsätze in der ganzen Schweiz verfügt die Zollfahndung über Büros in Bern, Basel, Zürich, Lausanne und Lugano. Sie kann zum Zeitpunkt der Straftat selbst, oder auch erst mehrere Jahre danach intervenieren.
In den letzten Jahren hat die Strafverfolgung unter anderem grosse Fälle bearbeitet wie:
- Illegale Einfuhren von mehreren Tonnen Fleisch oder Lebensmitteln, die nachweislich ein Gesundheitsrisiko darstellten
- Illegale Einfuhren von wertvollen Luxusgütern (Autos, Uhren, Kunst, Antiquitäten usw.)
- Illegalen Handel mit geschützten lebenden Tieren (CITES-Abkommen)
- Kabotage in erheblichem Umfang
In allen Fällen zogen Mitarbeitende gesundheitsgefährdende Waren ein und vernichteten sie. SIe setzten lebende Tiere wo möglich frei und erhoben systematisch die Abgaben.
Die Strafverfolgung verfügt neben ihren Ermittlungs- auch über Beurteilungskompetenzen. Sie erlässt in der Regel Strafbescheide, die ein Vielfaches der betroffenen Abgaben ausmachen. Die schwersten Fälle leitet sie für die Verhängung von Freiheitsstrafen an die Gerichte weiter.