Outre l'organisation des processus, l'organisation de la structure sera également adaptée aux nouvelles exigences. L'accent sera mis sur le renforcement des activités opérationnelles et la flexibilité de l'engagement des ressources. Depuis 2019, l'OFDF se divise en six domaines de direction: Opérations, Analyse des données et des risques, Bases, Poursuites pénales, Soutien, et Planification et pilotage. Le domaine de direction Opérations rassemble les unités actuelles de la Douane et du Corps des gardes-frontière (Cgfr) et se compose de six régions (niveau régional) et de 23 unités locales (niveau local).
