Neben der Ablauforganisation (Prozesse) wird auch die Aufbauorganisation (Struktur) des BAZG an die neuen Anforderungen ausgerichtet. Die Stärkung der operativen Tätigkeit und die Flexibilität des Ressourceneinsatzes stehen im Vordergrund. Das BAZG gliedert sich seit 2019 in sechs Direktionsbereiche: Operationen, Risikoanalyse und Analytik, Grundlagen, Strafverfolgung, Unterstützung, sowie Planung und Steuerung. Der Direktionsbereich Operationen vereint die bisherigen Einheiten Zoll und Grenzwachtkorps (GWK) und besteht aus sechs Regionen (Regionalebene) und 23 Lokaleinheiten (Lokalebene).
